针刺镇痛的中枢神经机理尚未完全阐明

但不少的工作支持张香桐提出的假说

即:“针刺镇痛基本上是一种神经系统的功能

是不同感觉传入信号在中枢神经系统内相互作用的结果。也就是说

从针刺部位传入的冲动

在脑内通过某种整合作用

使感觉冲动受到抑制

因而产生消除或缓解疼痛的效果。这种痛觉整合作用主要是在丘脑水平进行的。”其部位已知有束旁核、中央外侧核

可能还有参与痛觉的其它丘脑结构。